Para el siglo XIV ya existe una entidad territorial que se llama San Julián de Musques, tal y como refleja Lope de Salazar al hablar del reparto de los montes del valle de Somorrostro. Este valle englobaba a dos de las diez Repúblicas que formaban las Encartaciones de Bizkaia, con órgano de Gobierno en la Junta de la Avellaneda. Eran los tres Concejos (Santurtzi, Sestao y San Salvador del Valle) y los Cuatro Concejos donde además de Muskiz estaban Ziérbena, San Pedro y Santa Juliana de Abanto. Estos siete Concejos junto con la villa de Portugalete forman el valle de Somorrostro. Las dos Repúblicas tenían delimitadas sus jurisdicciones y disponían de un territorio (de gran riqueza en hierro, pastos y bosque) los “Montes Altos de Triano”, explotados y administrados por los siete en común.

En el siglo XVI la industria ferrona se transforma gracias a la implantación de la fuerza hidráulica y a la utilización del martinete. El mineral de las ferrerías vizcaínas procedía del valle de Somorrostro, de donde era transportado por vía marítima o terrestre. La importancia del mar y del río es fundamental para el concejo ya que además sirven para transportar alimentos. Muchos vecinos de Muskiz se dedican en este momento a la construcción naval y a actividades marineras; marineros, pilotos, mareantes. La cofradía de San Nicolás agrupaba al gremio de mareantes.

En el siglo XVII, gracias a la actividad comercial relacionada con el hierro, algunas familias acrecentaron su patrimonio. D. Simon de la Quadra llegó a poseer dos ferrerías (El Pobal y Bilotxi), adquirió terrenos y repobló bosques. Gracias a sus negocios se convirtió en el hombre más poderoso del concejo, trasladando el centro de poder de San Martín de Muñatones a su residencia “La Puente”, junto al viejo astillero de San Juan. El concejo estaba dividido en 5 cuadrillas o regimientos; La Rigada, El valle, Memerea, Musques y Pobeña, gobernadas por regidores que se reunían en junta en el puesto del Crucero.

Podemos considerar al XVIII como el siglo de oro del Concejo. La entrada de los Borbones favoreció la llegada al poder de una nueva clase burocrática que con el tiempo llegó a ennoblecerse. Un representante de esta burocracia es D. Sebastián de la Quadra y Llarena, quien bajo el reinado de Felipe V, detentó el cargo de “ Secretario de Despacho Universal de Estado” (1736-1746). Como reconocimiento a sus servicios el rey concedió el título de primer Marqués de Villarías. Desde su privilegiada posición favoreció los intereses familiares, llevando su postura a enfrentar a las Encartaciones con el Señorío de Vizcaya por el control sobre el transporte y la venta de hierro.

La población del Concejo rondaría entre los 900 y 1.000 habitantes. Las principales ocupaciones económicas eran las relacionadas con el mineral de hierro (ferrones, carboneros, rementeros, carreteros) cuyo punto de referencia eran las ferrerías (Bilotxi, el Pobal…) y el transpote marítimo, con centro en Pobeña, en donde se asientan y enriquecen familias dedicadas al comercio. Gracias a este comercio se acumuló el capital necesario para la construcción de casas palaciegas tan características de nuestro pueblo y cuyos exponentes más significativos son Pobeña y el valle. La situación económica favorable también se refleja en las obras de infraestructura urbana: construcción de un nuevo puente, nuevas iglesias de San Juan (por dos veces) y Pobeña.