Hasta el s. IX hay un gran vacío documental. En la crónica de Alfonso III, c. 880, se informa que su antecesor Alfonso I repobló Carranza y Sopuerta. El primer documento escrito en el que se cita al valle de Somorrostro, del que Muskiz es sólo una parte, está fechado en 1068. Al parecer el proceso de aculturación romano no llegó a cambiar los usos y las costumbres de la población indígena gentilicia, que siguió explotando los recursos agrícolas y ganaderos de unos dominios mal definidos territorialmente.

Entre los siglos IX-XIV se producen grandes transformaciones: asimilación del cristianismo, aparición de la casa-torre como centro de poder que sustituirá a la iglesia propia, diversificación económica (hierro y comercio), apropiación del espacio en detrimento de los terrenos comunales, ruptura de la sociedad gentilicia y aumento de las desigualdades sociales entre los grupos de población y reorganización del poblamiento con la aparición de nuevas entidades: la villa, la barriada y el caserío.

Con la difusión del cristianismo aparece un nuevo elemento de referencia económico y social: la iglesia. Las iglesias se generalizan a partir del s. XI y entre las más antiguas de la zona hay que señalar las de Santa Mª de Pobeña y la de la Cerrada de Ranes, en Cardeo. Estos templos presentaban una arquitectura muy sencilla y eran de pequeñas proporciones. En su entorno se acotaba un espacio para enterrar a los miembros de la comunidad. Aunque el rito funerario es el cristiano, perviven ritos precristianos de protección y culto a los muertos. La iglesia es también un centro económico, ya que gracias a los diezmos conseguía los escasos excedentes generados por la actividad agropecuaria. Eran de propiedad particular y como cualquier otro bien patrimonial podían ser vendidas, donadas, etc. Sus propietarios detentaban ciertos derechos sobre el resto de los vecinos. Santa Mª de Pobeña era propiedad de Doña Elo Bellacoz y contaba con pastizales, árboles frutales y un puerto, dato que denota cierta actividad marítima. En el s. XIII Diego López de Haro, el bueno, señor de Bizkaia, donará a Sancho Ortiz Marroquín de Montehermoso varias iglesias del valle de Somorrostro, entre ellas las de San Julián, por sus servicios en las Navas de Tolosa.

En el s. XIV se inicia una etapa de crisis económica; la nobleza intentó por todos los medios que sus rentas no disminuyesen y así disputaron entre ellos el “valer más”, es decir, poseer más rentas, riquezas y beneficios. Gracias a Lope Garcia de Salazar tenemos información sobre los acontecimientos de la Bizkaia bajomedieval pues en su libro “Bienandanzas e Fortunas” se recogen los hechos más destacados de aquellos conflictos entre bandos. La familia Salazar, a la que pertenecía el cronista, detentó el control del valle de Somorrostro desde su fortaleza de Muñatones. Esta familia se estableció en Muskiz al emparentar, hacia 1256, con la de Muñatones. Al igual que otros parientes mayores, esta familia era propietaria de tierras y hombres, gozaba de rentas, disfrutaba de exención tributaria y sometía a su autoridad a los habitantes de la zona de influencia.

En los lugares estratégicos (vías de comunicación, puertos…) y vinculadas casi siempre a ermitas, ferrerías y molinos se construyeron durante este período numerosas casas torre, reflejo de la gran inestabilidad social de este momento. La proliferación de torres en Muskiz está determinada por el asentamiento de los Salazar en Muñatones, quienes, controlando el territorio desde su solar, instalan a sus parientes en los diferentes barrios del municipio: Pobeña, Montaño, Memerea, San Julián, Santelices, La Rigada. Estas casas torre eran auténticos centros de explotación y administración de los recursos del entorno. La construcción más significativa de aquel período es el castillo de Muñatones.